《超级机器人大战A》这可以说是GBA上第一款机战，以其优秀的画面，精彩的故事吸引了众多玩家．借助GBA的机能，画面感觉非常好，比起以前玩GB的感觉有天壤之别。加上援助系统和COUNT特技等等一些新要素，除了没有魔装机神和圣战士以外，至于其它方面作为掌机游戏已经无可挑剔了。宇宙世纪0XXX年。经过一年战争和蜥蜴战役两次大战的洗礼，地球圈迎来了短暂的和平。向着火星开拓，治愈泰坦斯反乱的伤痕，以此复兴地球圈，发展十分迅速。就在这时，某个事件让大局的发展走到了另一个方向。失去母星，成为流浪民族的哈姆星人，来到地球，请求向地球和平移民。地球联邦政府和殖民卫星国家一致认为可以接受要求，并派出代表进行和谈。可是，就在会谈中，发生了“和平派代表暗杀事件”，导致谈判决裂并进入让双方进入战争状态。趁着混乱，月面帝国ギガノス竖起反旗，表示从地球独立并向联邦地球政府宣战。而在开拓火星的都市，也受到了神秘敌人的进攻。地球内部潜伏已久的百鬼帝国也开始了新的一轮侵略。就这样，地球圈再次被战火、覆盖。为了应对急速变化的事态，腐败的地球联邦政府没有任何办法，只能动用联邦军第13独立部--“隆得贝尔”进行战斗。可隆得贝尔队在战斗中，发现了隐藏在战乱中的另一个武装组织，他们来自和这个世界相对平行的未来世界。导致如此混乱局面的火种是他们播下的么……
